Podstawowym skutkiem wystąpienia zaległości podatkowej jest opisywane wcześniej naliczenie odsetek za zwłokę. Jeżeli jednak uporczywie nie masz zamiaru płacić swoich zaległości wraz z odsetkami organ może również nałożyć na ciebie kary przewidziane w kodeksie karnym skarbowym (art. 57).

Niezapłacenie podatku skutkuje w dalszym ciągu przygotowaniem tytułu wykonawczego i egzekwowaniem zaległości podatkowej. Wszczęcie egzekucji jest możliwe na podstawie deklaracji (w przypadku zobowiązań podatkowych powstających z mocy prawa) lub na podstawie decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego.

Skutkiem powstania zaległości podatkowej może być również wydanie decyzji o odpowiedzialności osób trzecich.