W przypadku, gdy wpłacone w ramach przetargu wadium ma być zaliczone na poczet ceny nabycia, to powinieneś traktować je jak zadatek/zaliczkę. Oznacza to, że obowiązek podatkowy z tego tytułu powstanie u ciebie z chwilą wyboru i zatwierdzenia oferenta. I to wówczas masz obowiązek rozliczyć VAT od kwoty wpłaconego wadium, które zostaje zaliczone na poczet należności. Stanowi ono bowiem już w tej chwili niejako zadatek na poczet ceny i zgodnie z art. 19 ust. 11 ustawy o VAT rodzi obowiązek podatkowy w momencie jego wpłaty.

Dochodzi przecież do uiszczenia części należności za przedmiot przetargu przed dokonaniem jego dostawy. Takie stanowisko prezentują organy podatkowe. I do takiej interpretacji przychylił się też Naczelny Sąd Administracyjny , argumentując, że „jeżeli w specyfikacji przetargu określono, że wadium pieniężne oferenta, którego oferta została przyjęta, zostaje zarachowane na poczet ceny nabycia, na co wybrany wykonawca, poprzez przystąpienie do przetargu, wyraża zgodę, to niewątpliwie w tym momencie następuje zapłata części ceny za dostawę towaru, będącego przedmiotem przetargu.”