Nie zawsze określenie nadpłaty należy do podatnika. W przypadkach niewymienionych w artykułach 73 § 2 i 74 określenie wysokości nadpłaty jest zadaniem organu podatkowego (art. 74a). Nadpłata tak określona podlega zwrotowi w terminie 30 dni od dnia wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę (art. 77 § 1 pkt 2).

Organ podatkowy określa wysokość nadpłaty w decyzji. Nie jest jednak powiedziane, że musi to być decyzja odrębna. Może więc dokonać określenia wysokości nadpłaty niejako dodatkowo, np. w decyzji określającej zobowiązanie podatkowe.

Nieprawidłową formą określania nadpłaty jest dokonanie tego w drodze postanowienia. Postanowienie jest dokumentem, którym można jedyne rozliczyć kwotę nadpłaty zgodnie z ustawą. Inaczej mówiąc stosuje się je wówczas, gdy istnieją zaległości lub zobowiązania, na rzecz których można rozliczyć nadpłatę. Postanowienie nie może być również zastosowane w przypadku wniosku podatnika o zaliczenie nadpłaty na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych (art. 76). Tutaj także organ ustosunkowuje się do wniosku w drodze decyzji.